Верховный суд Башкирии 8 августа признал ученого виновным по всем пунктам обвинения и путем частичного сложения наказаний приговорил к шести годам условно. По решению суда, Кайбышеву также запрещено занимать должности, связанные с руководством в научно-исследовательских организациях сроком на три года. Суд также обязал академика выплатить штраф в 3 млн 518 тысяч рублей в пользу пострадавшей стороны - НИИ проблем сверхпластичности металлов.
Слушание дела началось 31 октября 2005 года. Дело против директора НИИ было возбуждено после того, как сотрудники ФСБ изъяли у вылетавшей из Уфы южнокорейской делегации техническую документацию на 500 листах и нескольких компакт-дисках. Выяснилось, что документы, в соответствии с условиями договора, передал сотрудникам южнокорейской фирмы "АСА Ко Лтд" уфимский Институт проблем сверхпластичности металлов.
Как утверждают в учреждении, "материалы предназначались для усовершенствования технологий при изготовлении литых колесных дисков для автомобилей". Однако экспертиза УФСБ пришла к заключению, что эта информация могла быть использована для производства ракет и оружия. Кроме того, ученый обвинялся в злоупотреблении должностными полномочиями, присвоении средств в особо крупном размере и использовании подложных документов.
Сам академик, выступая в суде с последним словом, своей вины не признал.