В 2002-2003 годах Борисов был основным финансовым спонсором предвыборной кампании будущего президента Литвы Роландаса Паксаса. Как он сам подтверждал на судебных заседаниях, на президентскую предвыборную кампанию он дал Паксасу более 400 тыс. долларов США.
В 1992-2003 годах Борисов был гражданином Литвы, но в связи с необходимостью руководить принадлежащим ему предприятием СПАРК (Санкт-Петербургская авиаремонтная компания) принял гражданство России. По литовским законам, это автоматически означает лишение гражданства Литвы.
В апреле 2003 года президент Литвы Роландас Паксас своим декретом предоставил Борисову литовское гражданство "в порядке исключения", допускающего наличие одновременно второго гражданства. Конституционный суд Литвы 31 декабря 2003 года признал декрет президента Паксаса о предоставлении Борисову литовского гражданства не соответствующим конституции.
В ноябре 2003 года Генпрокуратура Литвы на основании материалов Департамента госбезопасности (ДГБ) возбудила уголовное дело против Юрия Борисова по обвинению в том, что он шантажировал тогдашнего президента Литвы Роландаса Паксаса, требуя для себя официального поста в канцелярии Паксаса.
Затем Борисов стал одним из главных действующих лиц скандала, разразившегося после обнародования информации Департаментом госбезопасности о том, что Роландас Паксас и его окружение могут иметь связи с международной преступностью, что привело к импичменту Паксаса в апреле 2004 года, напоминает РИА "Новости".