Караджич неоднократно заявлял, что в 1996 году получил от специального посланника США на Балканах Ричарда Холбрука гарантию об освобождении от судебного преследования в обмен на уход в отставку и отказ от политической деятельности. США и лично Холбрук это опровергали. Однако ряд высокопоставленных чиновников бывшей Югославии заявляли, что видели этот документ.
Юридический советник Радована Караджича Питер Робинсон также говорит, что существуют прямые свидетели, присутствовавшие при заключении договоренности. В частности, это бывший председатель скупщины боснийских сербов Момчило Краишник и бывший министр иностранных дел тогдашней республики боснийских сербов Алекса Буха. Кроме того, по словам Робинсона, есть доказательства троих представителей госдепартамента США.
Судебный процесс над Караджичем должен начаться 21 октября, но может быть перенесен на более поздний срок. К 19 октября прокуроры должны представить обвинительный акт со своими пояснениями, и Караджичу по закону предоставляется на его изучение не менее пяти дней. Судьи стремятся завершить рассмотрение дела Караджича примерно за два года - в связи с тем, что до 2013 года МТБЮ намерен завершить свою работу.
Гаагский трибунал обвиняет Караджича в 11 эпизодах, связанных с военными преступлениями и преступлениями против человечности. Среди них - геноцид мусульманского населения боснийского города Сребреница, где в июле 1995 года были убиты почти 8 тысяч человек; гибель около 12 тысяч человек в результате трехлетней блокады Сараево и использование миротворцев ООН в качестве живого щита. Караджич все обвинения отвергает.
Бывший лидер боснийских сербов был одним из самых разыскиваемых трибуналом лиц наряду с экс-командующим армии боснийских сербов генералом Ратко Младичем и бывшим президентом непризнанной Республики Сербская Краина в Хорватии Гораном Хаджичем. Обвинения в военных преступлениях против него МТБЮ выдвинул 25 июля 1995 года. С 1996 года Радован Караджич находился в бегах. Об аресте Караджича канцелярия президента Сербии сообщила 22 июля 2008 года.