Трепашкин уже отбыл одну треть наказания, что по закону является основанием для применения к нему условно-досрочного освобождения. Однако суд оставил соответствующую просьбу адвокатов без внимания.
По версии обвинения, проходя с 1984 по 1997 год службу в КГБ СССР и ФСБ РФ, Трепашкин копировал служебные документы, которые в дальнейшем незаконно хранил у себя дома. В ходе обыска дома у Трепашкина были изъяты следственные материалы КГБ СССР, Министерства безопасности РФ, ФСК и ФСБ как в письменной форме, так и на дискетах и в компьютере.
Экспертиза признала секретными около 30 документов, в частности, протоколы следственных действий по делам 1997 года, расследованием которых занимался Трепашкин.
Разглашением сведений, составляющих гостайну, следствие считает передачу Трепашкиным своему бывшему коллеге - полковнику ФСБ Виктору Шебалину - материалов-сводок, прослушивание телефонных переговоров членов Гольяновской ОПГ (в них, по мнению следствия, содержались данные о методах работы ФСБ). При обыске в квартире Трепашкина были также обнаружены около двух десятков патронов.
Трепашкин, более 20 лет проработавший в органах безопасности, до последнего времени работал адвокатом. Он стал известен благодаря своему участию в ноябре 1998 года в пресс-конференции, на которой бывший сотрудник ФСБ Александр Литвиненко и его коллеги утверждали, что по приказу руководства ФСБ они якобы участвовали в заговоре с целью убийства Бориса Березовского. 22 октября 2003 года сотрудники ДПС ГУВД Московской области обнаружили в машине бывшего сотрудника ФСБ оружие. Уголовное дело было возбуждено по статье "незаконное приобретение и хранение боеприпасов и огнестрельного оружия". Полковник запаса был задержан и впоследствии заключен под стражу с санкции Дмитровского городского суда.
Трепашкин утверждает, что пистолет ему был подброшен, а уголовные дела против себя считает сфабрикованными.