Напомним, в конце 2005 года Ходорковский и Лебедев были этапированы в колонии для отбытия назначенного им Мещанским судом Москвы наказания по первому уголовному делу. Однако в 2009 году оба были возвращены в Москву в связи с предстоящим судом по второму уголовному делу, и с тех пор содержатся в следственном изоляторе.
О втором уголовном деле в отношении Ходорковского и Лебедева стало известно в 2005 году, когда завершался первый судебный процесс в Мещанском суде. По приговору этого суда экс-глава НК ЮКОС и бывший руководитель МФО МЕНАТЕП были осуждены на 9 лет заключения каждый, однако позже Мосгорсуд снизил наказание до 8 лет.
По новым обвинениям Генпрокуратура РФ инкриминирует бывшим руководителям ЮКОСа "хищение чужого имущества организованной группой в крупном и особо крупном размерах и его легализацию". В ходе предварительного следствия, указывает Генпрокуратура, было установлено, что обвиняемые в составе организованной группы с основными акционерами ОАО "НК ЮКОС и другими лицами совершили хищение путем присвоения акций дочерних обществ ОАО "Восточная нефтяная компания" (ВНК) в период с 6 ноября по 12 июня 1998 гг. на сумму 3,6 млрд рублей.
Также, согласно обвинению, они совершили легализацию похищенных акций дочерних обществ ОАО "ВНК" в 1998-2000 гг. на эту же сумму. Кроме того, обвиняемые, по данным прокуратуры, совершили "хищение путем присвоения нефти дочерних акционерных обществ ОАО "НК ЮКОС" в 1998-2003 годах, ОАО "Самаранефтегаз", ОАО "Юганскнефтегаз" и ОАО "Томскнефть ВНК" на сумму более 892,4 млрд рублей и легализацию части этих средств в 1998-2004 гг. в размере 487,4 млрд рублей и 7,5 млрд долларов США".