Багиров был задержан в молдавской столице 16 июня 2011 года, его заподозрили в организации массовых акций протеста 7 апреля 2009 года, которые переросли в погромы. Ранее в своем блоге писатель открыто написал следующее: "Я - Эдуард Багиров, писатель, публицист, член Всероссийского Азерконгресса, Союза писателей Азербайджана, главный редактор литературного клуба "Литпром", специалист по международной политике, один из организаторов апрельских событий 2009 в Кишиневе, и прочая, и прочая, и прочая".
Сам блоггер утверждает, что уголовное дело против него было инициировано председателем парламента страны, временно исполняющим обязанности президента Молдавии Марианом Лупу. Багиров сообщает, что из него выбивают показания против депутата-коммуниста Марка Ткачука, который в апреле 2009 года занимал должность советника молдавского президента Владимира Воронина. Последний уверен, что Лупу хочет переложить ответственность за те погромы на коммунистов.
Находясь в заключении, Багиров объявлял голодовку: "С завтрашнего дня (14.09.2011) я объявляю полный отказ от приема пищи. Вплоть до того момента, пока меня не выпустят из этого вонючего барака", - написал он в своем блоге. Однако, вскоре он признал бессмысленность этой затеи. За россиянина заступился МИД России, отправивший властям Молдавии ноту протеста. Российские дипломаты потребовали отпустить писателя под подписку о невыезде до конца судебных разбирательств
Беспорядки в Кишиневе вспыхнули в начале апреля 2009 года после оглашения результатов парламентских выборов, на которых оппозиция потерпела поражение. Вскоре на улицs столицы вышли сотни протестующих, начались столкновения с сотрудниками правопорядка. Демонстранты разгромилирезиденцию президента и здание парламента.
В ответ Владимир Воронин выслал из страны румынского посла и объявил о введении визового режима с этой страной. По его мнению, именно Бухарест стоял за организацией беспорядков в молдавской столице. Румыния с начала 90-х годов декларирует идею об объединении с Молдавией, а власти страны активно раздают жителям страны румынские паспорта. Да и сами участники беспорядков, громя здания парламента и резиденцию президента, скандировали "Мы – румыны".
В июле 2009 года в Молдавии состоялись повторные выборы в парламент,по результатам которых победу одержали оппозиционеры. Новые власти пообещали провести собственное расследование апрельских событий.