Скарамелла был арестован 24 декабря в аэропорту Неаполя и заключен в тюрьму Реджина Чели в Риме после возвращения из Лондона, где он находился на обследовании и давал показания Скотланд-Ярду. Скарамелла 1 ноября 2006 года встречался в Лондоне с экс-офицером ФСБ Александром Литвиненко в суши-баре Itsu. Именно в этот день, по мнению следователей, Литвиненко получил смертельную дозу полония-210.
В Италии Скарамелле предъявлено несколько обвинений, в частности, в даче ложных показаний правоохранительным органам и разглашении гостайны, клевете, торговле оружием, однако "дело Литвиненко" в этом списке не значится. По мнению римских следственных органов, Скарамелла делал ложные заявления в полицию по поводу якобы готовящихся покушений на него и на председателя "комиссии Митрохина" Паоло Гуццанти.
В 2006 году Скарамелла заявил правоохранительным органам, что агенты российских и украинских спецслужб, среди которых он назвал и Евгения Лимарева, готовят террористические акты в Италии, сообщает РИА "Новости". По словам Скарамеллы, объектами этих терактов должны были стать он сам и Гуццанти, а конкретным организатором операций являлся некто Александр Талик - бывший агент КГБ.
Сам Лимарев категорически опровергает, что Скарамелла и вообще кто-либо другой обвиняли его в террористической деятельности. "Это - грубая (а может, и преднамеренная?) ошибка редакции "РИА Новости": ни Скарамелла, ни кто другой никогда меня не обвиняли в террористической деятельности", - сообщил Лимарев NEWSru.com.
Некоторое время назад римская прокуратура допросила предполагаемого руководителя покушений и пришла к выводу, что все заявления Скарамеллы не соответствуют действительности. Именно тогда следователи заподозрили, что Скарамелла намеренно лжет и клевещет, что и послужило поводом для его ареста.
В отношении Скарамеллы возбуждено еще несколько уголовных дел: прокуратора города Болонья обвиняет его в даче ложных показаний по поводу поставки радиоактивного урана в город Римини и республику Сан-Марино, а прокуратура Неаполя - в незаконной утилизации отходов в области Кампания.