Фернандес подписал двухлетний контракт с "Порту" в августе. Он был помощником Жозе Моуринью, который ушел в "Челси". В июне "Порту" назначил тренером Луиджи Дель Нери, но неожиданно уволил его в августе перед началом чемпионата Португалии. Пресса сообщала, что руководству клуба надоели его постоянные поездки к себе домой в Италию.
В декабре Фернандес привел "Порту" к победе в финале клубного чемпионата мира над сильнейшим клубом Южной Америки "Онсе Кальдас" и вывел клуб в 1/8 финала Лиги чемпионов. Однако команда неудачно выступает в португальском первенстве. Так, в воскресенье он уступил на своем поле со счетом 1:3 клубу "Брага". В результате, "Порту" уступил лидерство этому клубу, от которого теперь отстает на два очка.