Против мэра Владивостока прокуратурой Приморского края возбуждено уголовное дело по статье УК РФ "злоупотребление служебным положением". Его обвиняют в неправомерном заключении договоров охраны имущества администрации и сопровождения ГИБДД, а также "создании условий для осуществления чартерных рейсов компании "Владивосток-Авиа", в том числе для вылетов в города Хабаровск и Сеул, с оплатой данных рейсов за счет коммерческих предприятий или путем внесения платежей от имени вымышленных лиц".
Все эти действия, по мнению следствия, привели к значительным расходам из городской казны. Также Николаева обвиняют в незаконном предоставлении гражданам земельных участков, которые принадлежат к лесам первой группы и находятся в федеральной собственности. В результате этих действий государству причинен ущерб на сумму 3 млн 433 тысячи рублей.
28 февраля 2007 года по ходатайству прокуратуры Приморского края Николаев временно был отстранен от должности главы Владивостока. 7 марта решением Ленинского районного суда он был заключен под стражу. 14 марта Николаеву было предъявлено официальное обвинение.