Линников был взят под стражу в зале суда, ему запрещено в течение трех лет занимать государственные должности, но он не лишен звания полковника. Суд также обязал Линникова компенсировать нанесенный ущерб.
Как установило следствие, Линников, занимая должность начальника 41-го отдела капитального строительства Сухопутных войск, в 2006-2007 годах заключил ряд фиктивных договоров о закупке квартир для военнослужащих в Москве, Туле, Казани, Новосибирске и других городах. На основании этих договоров он предоставил акты приемки объектов недвижимости для перечисления денежных средств.
Большая часть этих квартир на момент оплаты и распределения между военнослужащими не была построена. В материалах дела первоначально фигурировало 110 квартир стоимостью 350 млн рублей, но после начала расследования большая их часть была достроена и передана военнослужащим.
Согласно материалам дела, застройщик в Казани ООО "Альтаир" не смог выполнить условия договора с Минобороны и обанкротился. В результате 12 военнослужащих не получили квартиры на сумму около 21 млн рублей.
Следствие довело до суда эти 12 эпизодов, обвинив Линникова по ч. 4 ст. 286 УК РФ (превышение должностных полномочий, повлекшее причинение вреда в особо крупном размере) и 292 УК РФ (служебный подлог).
Линников в суде вину отрицал, настаивая на том, что действовал в интересах Минобороны, и передача квартир не была проведена уже после его увольнения. Прокурор по итогам рассмотрения дела пришел к выводу о виновности подсудимого и просил лишить его свободы на шесть лет и лишить звания полковника.
Рассмотрев дело, суд нашел вину Линникова подтвержденной лишь частично. Подсудимый был оправдан по обвинению в подлоге, а ч. 4 ст. 286 была заменена на ч. 3. С Линникова также взыскано около 21 млн рублей в пользу государства в виде компенсации ущерба. При назначении наказания суд учел воинские заслуги Линникова и наличие у него несовершеннолетнего ребенка.