В 1979 году Пригожин получил первую судимость за кражу - 2,5 года лишения свободы условно - и был отправлен в Нижний Новгород (тогда - Горький). Недолго прожив там в общежитии для "условников", в 1980 году будущий олигарх вернулся в родной Ленинград, где познакомился с местным жителем, ранее судимым Алексеем Бушманом и уроженкой Брянщины Валентиной Макеко, тоже имевшей судимость, а также двумя несовершеннолетними челябинцами.
В феврале - марте 1980 года компания совершила несколько квартирных краж. Добычей становились деньги, облигации, посуда из хрусталя, техника, одежда, женская косметика, ковры, сувениры. Один раз Пригожин пошел на дело один, пьяный, но его спугнула местная жительница. На следующую ночь он взял с собой Бушмана, и на сей раз все прошло удачно - сумма улова составила 980 рублей.
14 марта Пригожин, Бушман и Макеко похитили из квартиры семьи Ростовцевых на улице Брянцева имущество на 1610 рублей - большие деньги по тем временам. Хозяйка квартиры Алла Ростовцева заподозрила в краже Пригожина, который знал ее дочь и бывал в гостях. Однако у милиции не было достаточно доказательств.
Меж тем компания продолжала действовать дерзко - уже через пять дней Пригожин сотоварищи проникли в соседний дом. По данным "Росбалта", Пригожин и его несовершеннолетний подельник взломали дверь в квартиру, а Макеко стояла "на стреме". Испугавшись возможного срабатывания сигнализации, воры решили скрыться.
20 марта Пригожин, Бушман и Макеко предложили местному жителю по фамилии Коваленко купить у них джинсы и другой дефицит за 250 рублей. Получив деньги, Пригожин скрылся. Вечером того же дня компания отмечала свою удачную аферу в ресторане "Океан". Пригожину приглянулось пальто одной из посетительниц, и он предложил ее ограбить.
В приведенных "Росбалтом" материалах дела говорится, что Макеко и Пригожин догнали девушку на улице и попросили закурить. Когда та потянулась за сигаретами, Пригожин "неожиданно схватил ее за шею, стал душить. Она закричала о помощи, но Пригожин стал сильнее сжимать горло. От сдавливания горла она потеряла сознание, а когда очнулась, то увидела, что с нее сняты сапоги и серьги".
На крики о помощи прибежали милиционеры и задержали на месте преступления несовершеннолетнего участника нападения, который не успел скрыться вместе с остальными. После этого милиция побывала в квартире дома на улице Блохина, где жили Пригожин и Бушман, и нашла там ранее украденные из квартир вещи.
Макеко в суде взяла на себя кражу имущества Ростовцевых, а Пригожин - мошенничество с Коваленко. Суд не поверил ни той, ни другому. 6 октября 1981 года Ждановский народный районный суд Ленинграда признал Пригожина виновным по статьям УК РСФСР "кража", "мошенничество", "вовлечение несовершеннолетнего в преступную деятельность", "разбой" и приговорил его к 13 годам колонии усиленного режима, добавив ранее неотбытое наказание.
Бушман получил 11 лет, Макеко - 10. Несовершеннолетние участники банды отделались: один - условным сроком, другой - годом колонии. По словам потерпевшей Ростовцевой, украденное имущество семье так и не вернули, но Пригожин и Макеко выплатили взысканную с них компенсацию материального ущерба.
В 2016 году Евгений Пригожин подал 19 исков к "Яндексу", ООО "Мэйл.ру" и Google Inc. с требованием удалить из поисковой выдачи недостоверную и неактуальную информацию о себе. В частности, бизнесмен требовал удалить резонансные материалы "Новой газеты", РБК, "Фонтанки", украинского издания "Апостроф" и других сайтов. Впоследствии бизнесмен отозвал иски к "Яндексу" как бесперспективные.
21 сентября 2018 года США внесли в санкционный список 27 физических и шесть юридических лиц из России, связанных, по мнению Госдепартамента, с разведывательными службами и оборонными учреждениями. Санкции были введены как ответ на предполагаемое вмешательство России в выборы американского президента в 2016 году.
В список попали ЧВК Вагнера, которую связывают с Пригожиным, и сам Пригожин. Также в санкционном списке значатся его компании Concord Catering и Concord Management and Consulting, а также предположительно связанные с бизнесменом "Агентство интернет-исследований" ("фабрика троллей").