Николай Емельянович Аксененко родился 15 марта 1949 года в селе Новоалександровка Новосибирской области. В 1972 году окончил Новосибирский институт инженеров железнодорожного транспорта, а в 1990 году - Академию народного хозяйства.
Трудовую деятельность начал в 1966 году слесарем-сборщиком Новосибирского авиационного завода. С 1972 года занимал различные ответственные должности на Восточно-Сибирской, Юго-Восточной и Октябрьской железных дорогах.
В 1994 году назначен заместителем министра путей сообщения РФ, а в апреле 1997 года - министром путей сообщения России. С мая 1999 года по январь 2000 года занимал пост первого заместителя председателя правительства РФ, затем вновь возглавил МПС.
Николай Аксененко вполне мог стать президентом России. По крайней мере, входил в круг кандидатур возможных преемников Бориса Ельцина, пишет "Время новостей". Он стал одним из самых ярких государственных чиновников-хозяйственников в новейшей истории страны. В итоге его ждали уголовное дело и смерть на чужбине от неизлечимой болезни.
При Аксененко железные дороги стали одной из динамично развивающихся отраслей российской экономики, любимый им футбольный клуб "Локомотив" - самой стабильной командой страны, а "Локомотив-Белогорье" из Белгорода - флагманом отечественного волейбола. Николай Аксененко выделил деньги и на строительство лучшего в России стадиона "Локомотив". На должности министра путей сообщения России проработал до 2002 года.
Начав свою карьеру в 17 лет слесарем-сборщиком Новосибирского авиационного завода, он выучился в институте на "инженера путей сообщения по эксплуатации железных дорог". Такая специальность была записана в дипломе. Дальше за всю свою "советскую" жизнь не занимал ни одной политической должности ни в партии, ни в комсомоле, а только исключительно хозяйственные.
Как писали в советские времена, "прошел путь от дежурного по станции до заместителя начальника службы движения Юго-Восточной железной дороги". Советские времена закончились, а Аксененко по-прежнему продолжал занимать высокие хозяйственные посты на железных дорогах. С должности первого заместителя главы Октябрьской железной дороги в 1994 году он перешел на должность замминистра путей сообщения.
В 1997 году в правительстве Виктора Черномырдина он стал министром и провел в этом качестве с небольшим перерывом на должность освобожденного первого вице-премьера четыре с половиной года.
Весной 1999 года, после отставки Евгения Примакова, Николай Аксененко едва не возглавил правительство. Тогда Борис Ельцин, как известно, позвонил спикеру Госдумы Геннадию Селезневу и сказал, что вносит на рассмотрение депутатов кандидатуру Аксененко. Но главой правительства стал Сергей Степашин. Ельцин в своей книге "Президентский марафон" вспоминал впоследствии, что уже тогда считал преемником Владимира Путина, но хотел дать стране "передышку", а потому рассматривал запасные варианты - Аксененко и Степашина.
"Итак, кто у меня в списке сейчас? Николай Аксененко, министр путей сообщения, - пишет Борис Ельцин. - Тоже хороший запасной игрок. Опять он в моей "премьерской картотеке". Аксененко вроде бы по всем статьям подходит. Решительный, твердый, обаятельный, знает, как с людьми говорить, прошел долгий трудовой путь, поднялся, что называется, от земли. Сильный руководитель. Однако Дума изначально относится к нему неприязненно, встретит в штыки. Это хороший вариант, чтобы заранее разозлить, раздразнить Думу. Подготовить ее к конфронтации. А потом выдать ей совсем другую кандидатуру".
И чуть ниже: "Итак, решено. Вношу кандидатуру Степашина. Но мне нравится, как я завернул интригу с Аксененко. Этакая загогулина. Думцы ждут именно его, готовятся к бою. А я в этот момент дам им другую кандидатуру".
Как бы то ни было, ельцинская "загогулина" и репутация "человека Березовского" поставили крест на карьерных перспективах Николая Аксененко. В январе 2000 года Михаил Касьянов освободил его с поста первого вице-премьера, оставив "простым" министром. 9 октября 2001 года на Николая Аксененко завели уголовное дело. 3 января 2002 года он подал заявление об отставке с поста министра. Осенью 2003 года с него, уже неизлечимо больного, сняли подписку о невыезде, отпустив лечиться за границу. Но шансов победить болезнь уже не было.