Евстратова и экс-заместителя начальника департамента капитального строительства госкорпорации Сергея Колобаева обвиняют по 4 ст. 159 (мошенничество в особо крупном размере) и ч. 3 ст. 285 (злоупотребление должностными полномочиями, повлекшее тяжкие последствия) УК РФ. В мошенничестве обвиняются Мустафа Кашка, гендиректор ФГУП "Аварийно-технический центр Минатома России" (АТЦ) Виктор Стовбур, гендиректор ФГУП "Центр ядерной и радиационной безопасности" (ЦЯРБ) Сергей Казаков и заместитель директора ЦЯРБа по финансам и экономике Светлана Слинкина.
Уголовное дело было возбуждено в августе 2010 года. Следственные действия были завершены еще в августе 2011-го, однако позже обвиняемые и их адвокаты стали затягивать передачу дела в суд.
Первым по делу в 2010 году задержали Сергея Колобаева, которого обвинили в хищении 60 млн рублей, выделенных госкорпорацией на строительство в Мурманской области двух объектов утилизации отработанного ядерного топлива для ФГУП "Атомфлот". В июле 2011 года полиция задержала Евгения Евстратова, ему было предъявлено обвинение в хищении 50 млн рублей, выделенных для выполнения научно-исследовательских работ для нужд предприятий атомной отрасли.
После задержания Евстратов и Колобаев были арестованы, однако в ноябре 2012 года Мосгорсуд освободил их под залог 5 млн рублей.