Ходорковский был задержан 25 октября 2003 года в новосибирском аэропорту "Толмачево" и в тот же день доставлен в Москву, где Басманный суд санкционировал его арест.
Генпрокуратура обвиняет Ходорковского по семи статьям Уголовного кодекса РФ. В частности, ему инкриминируется хищение чужого имущества путем обмана в составе организованной группы в крупном размере, злостное неисполнение вступившего в законную силу решения суда, а также уклонение от уплаты налогов в особо крупном размере, сообщает РИА "Новости".
Ходорковский, в частности, обвиняется в том, что, будучи председателем совета директоров ОАО КБ "Менатеп", совместно с президентом этого банка Платоном Лебедевым и другими лицами летом 1994 года организовал мошенническое завладение 20 процентами акций ОАО "Апатит" на сумму более 283 млн долларов. По данным следствия, сумма ущерба, причиненная действиями Ходорковского и Лебедева, составляет более 1 млрд долларов.
12 марта Басманный суд санкционировал арест счетов в швейцарских банках двадцати фигурантов "дела ЮКОСа". По данным Генпрокуратуры, бывший глава ЮКОСа Михаил Ходорковский, глава МФО МЕНАТЕП Платон Лебедев, бывший ректор РГГУ Леонид Невзлин и другие фигуранты дела имеют в пяти швейцарских банках более 6,2 млрд швейцарских франков (около 5 млрд долларов).
"Речь идет не об активах, акциях или других ценных бумагах, а о личных денежных вкладах физических лиц, так или иначе причастных к хищению государственных средств в особо крупных размерах", - отметили в прокуратуре.
Сам Михаил Ходорковский не признает свою вину. 3 ноября он подал в отставку с поста председателя правления НК ЮКОС.