В марте 2005 года Пичугин был осужден на 20 лет колонии строгого режима за тяжкие преступления. Таким образом судья, по сути, добавил Пичугину только 4 года (наказание, назначаемое путем частичного сложения сроков, не может превышать 30 лет). По неофициальной информации Газета GZT, общение Алексея Пичугина с Фемидой не закончено - вскоре ему могут быть предъявлены новые обвинения.
Пичугин и еще пять человек обвинялись в нескольких убийствах. Владимир Шапиро приговорен к 19 годам лишения свободы, Геннадий Цигельник и Евгений Решетников - к 18 годам лишения свободы, Михаил Овсянников - к 10 годам лишения свободы, Владислав Левин - к 7,5 годам лишения свободы. Все - также с отбыванием наказания в колонии строгого режима.
Сообщается, что суд, вынося приговор, учел смягчающие обстоятельства - наличие малолетних детей у подсудимых. Однако суд учел и отягчающие обстоятельства: то, что преступления совершались с применением огнестрельного оружия и взрывчатых веществ - общественно опасными способами.
Адвокаты Пичугина настаивают на его полной невиновности и считают, что уголовное преследование их подзащитного организовано ради одной цели - экстрадиции из Израиля главного акционера ЮКОСа Невзлина. "Суд учел лишь доводы прокуратуры, поэтому мы считаем приговор необоснованным, - пояснил "Газете" адвокат Георгий Каганер. - Он изобилует противоречиями, которые суд счел несущественными, а мы считаем существенными". Каганер заявил журналистам после оглашения приговора, что будет обжаловать вынесенное решение. "Я считаю приговор несправедливым и мы будем его обжаловать, так как доказательств совершенного подзащитным преступления предоставлено не было", - сказал он.
В свою очередь представитель прокуратуры заявил, что удовлетворен приговором. "Предварительно обвинение удовлетворено приговором, но окончательное решение будет принято в кассационный срок - 10 дней", - сказал гособвинитель по делу Камиль Кашаев. "Жизнь человека является наивысшей ценностью, и никто не имеет право ее забирать. 24 года соизмеримо содеянному", - заявил Кашаев. Он добавил, что Пичугин "был лишь одним из организаторов этих убийств, во время судебного следствия было установлено, что финансирование шло от руководителей ЮКОСа".
Выступая в прениях, адвокаты Пичугина просили его оправдать. "Мы считаем вину нашего подзащитного недоказанной и недоказанными мотивы, по которым, как утверждает обвинение, он совершил преступление", - сказал адвокат Георгий Каганер. По его словам, "как и в предыдущих обвинениях, здесь все основано на словах, в данном случае - на словах двух исполнителей, находящихся на скамье подсудимых".
Сам Пичугин в последнем слове, заявил, что разделяет точку зрения адвокатов. "Я прошу Вас разобраться в этом деле и вынести справедливый приговор", - сказал он, обращаясь к судье. Он подчеркнул, что не знаком с другими подсудимыми, проходящими вместе с ним по делу.
Ранее прокурор, выступая в прениях, просил приговорить Пичугина к пожизненному сроку лишения свободы в колонии особого режима. Гособвинитель Камиль Кашаев просил признать экс-сотрудника ЮКОСа виновным по всем инкриминируемым ему статьям, в том числе в организации убийств и покушении на убийство. К пожизненному сроку наказания гособвинитель просил присоединить 20-летний срок лишения свободы, на который Пичугин был осужден 30 марта 2005 года.
Всем осужденным было предъявлено обвинение в убийстве в 1998 году директора торговой фирмы "Феникс" Валентины Корнеевой. По данным следствия, она отказалась продать банку МЕНАТЕП принадлежащее ей помещение в центре Москвы. Также подсудимые обвинялись в убийстве мэра Нефтеюганска Владимира Петухова, требовавшего от ЮКОСа возврата сокрытых налогов. Пичугину кроме этого инкриминируется и организация покушения в 1998 и 1999 годах на предпринимателя Андрея Рыбина, предъявившего ряд судебных исков о взыскании ущерба, причиненного его фирме незаконной деятельностью ЮКОСа.
В марте 2005 года Пичугин был осужден на 20 лет колонии строго режима за организацию убийства супругов Гориных в Тамбове в 2002 году, организацию покушения на бывшего советника экс-главы ЮКОСа Ольги Костиной и избиение бывшего главы компании "Роспром" Виктора Колесова.