14 апреля 2004 года Министерство по налогам и сборам (сейчас преобразованное в Федеральную налоговую службу) вынесло решение о доначислении ЮКОСу 99,3 млрд рублей налогов за 2000 год. ЮКОС оспорил законность этого решения, однако 27 августа 2004 года арбитражный суд Москвы отклонил данный иск нефтяной компании.
Тогда адвокаты ЮКОСа обратились в апелляцию. По решению МНС, с ЮКОСа через службу судебных приставов уже взыскана вышеназванная сумма.
По последним данным, предоставленным нефтяной компанией, ЮКОС выплатил в бюджет в счет налоговых долгов прежних лет около 3,5 млрд долларов. Эта сумма почти полностью покрывает долг за 2000 год, однако компании уже предъявлены претензии по результатам проверок деятельности в 2001 и 2002 годах.
Кроме того, тот же арбитражный апелляционный суд позднее подтвердил во вторник законность взыскания с ЮКОСа налогового штрафа за 2001 год в объеме 39,113 млрд рублей. Правда, это можно расценить как победу ЮКОСа: суд не согласился увеличить сумму штрафа на 1,5 млрд рублей, как того требовали представители Федеральной налоговой службы.