В Следственном комитете при МВД считают, что Ковалев похитил более миллиарда рублей из Фонда общественной защиты гражданских прав, созданного им в 1994 году. Фонд якобы заключал подложные договора с несуществующими фирмами, и в результате этих махинаций на личном счете Ковалева осели более 740 млн. неденоминированных рублей. Кроме того, как отмечается в обвинении, "материалами уголовного дела установлено, что Валентин Ковалев, занимая в 1995-1997 годах пост министра юстиции, неоднократно получал в крупных размерах взятки, как деньгами, так и квартирами и земельными участками".
Сам Ковалев все обвинения отрицает. Он заявил, что возбужденное против него уголовное дело √ это ответ на деятельность спецкомиссии по расследованию фактов коррупции среди руководителей правоохранительных органов. Эту комиссию Ковалев возглавлял в бытность министром. На суде он намерен обнародовать факты коррупции, которые, как считает экс-министр, и стали причиной его травли.