По поводу причины отставки сразу же появилось несколько версий. По словам однопартийцев Некрасова, секретарь не справился со своими обязанностями, а его отстранение – часть плана по "очищению" партии от случайных людей. По другой версии, Некрасов лишился высокого поста за незаконную продажу нижегородского Дома культуры, передает РИА "Новый регион".
В "Единой России" утверждают, что отставка Некрасова стала частью решения регионом задачи, поставленной лидером партии Владимиром Путиным. По мнению коллег Некрасова, секретарь пренебрегал своими обязанностями и даже не присутствовал на встрече в Владимиром Путиным во время визита последнего в Нижний Новгород.
Однако депутат Государственной Думы РФ Роман Антонов предполагает, что причиной отставки секретаря стало уголовное дело, заведенной на него в июле 2008 года. Сергея Некрасова обвинили в уклонении от уплаты налогов после продажи ДК им. Свердлова.
Следствие полагает, что при продаже в ноябре 2007 года двухэтажного исторического памятника площадью 3,4 тысяч квадратных метров (покупателем выступило некое ООО "Поволжье Нижний") была сильно занижена цена объекта. Дом культуры был продан за 79 млн рублей, тогда как, по данным следствия, его рыночная стоимость составляет около 390 млн рублей при затратах на капитальный ремонт порядка 80 млн рублей.
Сам Некрасов уверен, что в своей правоте в ситуации с продажей ДК им. Свердлова. Он считает, что Облсовпроф "ничего не нарушал".
В вину Некрасову могло быть поставлено еще и то, что на думских и президентских выборах "Единая Россия" получала в области результаты ниже среднероссийских, пишет "Коммерсант" На выборах в Госдуму партия набрала в области 60,62% голосов при среднероссийском показателе в 64,1%, а на президентских выборах Дмитрий Медведев получил в Нижегородской области 61,84% (при среднероссийских 70,23%).