Малин был отстранен от должности главы РФФИ еще в 2004 году после заведения на него уголовного дела по обвинению в превышении должностных полномочий и коммерческом подкупе. В конце марта текущего года Мосгорсуд оставил в силе приговор экс-главе РФФИ, осужденному на 4 года условно. Кроме того, суд лишил Малина права занимать государственную должность в течение трех лет. Для него определен испытательный срок - пять лет.
Таким образом, были отклонены кассационная жалоба адвокатов Малина и кассационное представление гособвинения, которые просили отменить приговор и направить дело на новое рассмотрение. Судом было установлено, что Малин, возглавляя РФФИ, превысил должностные полномочия, оказав покровительство владельцу компании по строительству, реконструкции и перегрузке минеральных удобрений "Агросфера".
По данным следствия, через этот мурманский причал организациями, подконтрольными Михаилу Ходорковскому, Платону Лебедеву и другим лицам, осуществлялась перевалка минеральных удобрений.
"За покровительство и сохранение за ЗАО "Агросфера" права на эксплуатацию причала, дающего стабильный высокий доход, руководство компании систематически оказывало Малину, его родственникам и знакомым услуги имущественного характера. В частности, была передана доля в бизнесе, фактически подарены два коттеджа, автомобиль Mercedes стоимостью 2 млн 657 тыс. рублей", - отмечала прокуратура.
"Суд установил, что Малин вступил в сговор с Ходорковским и Лебедевым, а также с действующими с ними лицами, которые склонили его к организации заключения незаконного мирового соглашения", - сказала судья, оглашая приговор.
Согласно приговору, Малин "преследовал цель обеспечить Лебедеву и действующим с ним лицам уклонение от выполнения обязательств по внесению инвестиций в размере 283 млн рублей, переход в их владение 20-процентного пакета акций ОАО "Апатит" по заниженной стоимости, а также предоставления им возможности не возмещать государству упущенные выгоды".
Суд в приговоре отметил, что продажа акций "Апатита" состоялась по заниженной цене в размере 15 млн долларов, а рыночная стоимость акций составляла 62 млн долларов. "В ситуации, которая решалась по ЮКОСу председатель РФФИ будь то Малин или кто-то другой нес бы ответственность, предпринял ли он какие-либо действия к возврату этих средств или нет", - заявила адвокат Малина Лариса Мове.
Сам Малин не признал себя виновным. В своем последнем слове в суде он, в частности, заявил, что никогда не вел переговоров с экс-главой ЮКОСа Михаилом Ходорковским и главой МФО МЕНАТЕП Платоном Лебедевым относительно "денежной компенсации за невозвращенные по решению суда 20% акций ОАО "Апатит" (в чем обвиняется Малин), которые завершились подписанием мирового соглашения".
Дело Малина в значительной степени связано с уголовным делом руководителей НК ЮКОС. В частности, по словам адвоката Ларисы Мове, ее подзащитного обвиняют в превышении служебных полномочий в связи с тем, что Малин от имени РФФИ в 2002 году заключил мировое соглашение с АОЗТ "Волна", по которому фирма выплатила государству в счет компенсации за акции "Апатита" 15 млн рублей. По версии следствия, эта цена не соответствовала рыночной, которая в то время составляла 62 млн рублей.
Владимир Малин был задержан в конце февраля 2004 года и с этого времени находится под следствием. 27 февраля 2004 года Генпрокуратура России направила ходатайство в суд об отстранении Малина от должности и 4 марта распоряжением правительства он был отстранен от исполнения обязанностей председателя Российского фонда федерального имущества.