Ранее следователи считали, что врачи поставили Кудоярову неверный диагноз, а позже оказали некачественную медпомощь, в результате чего он скончался от сердечного приступа. Уголовное дело было возбуждено по статье 109 "Причинение смерти по неосторожности".
Однако специалисты Главного государственного центра судебно-медицинских криминалистических экспертиз так и не смогли установить взаимосвязь между неверным диагнозом, лечением и смертью Кудоярова.
Следователи также выяснили, что тюремные медики и врачи скорой помощи, прибывшие на вызов, сделали все возможное для спасения больного. Таким образом, состава преступления в их действиях не было.
Между тем родственники умершего пока не решили, будут ли обжаловать постановление СКР. По их мнению, в смерти педагога были виновны не столько врачи, сколько следователи и судьи, которые не только посадили больного человека за решетку, но и регулярно продлевали его срок ареста.
Директор московской школы №1308 Андрей Кудояров был задержан 19 мая 2011 года по обвинению в получении взятки в 260 тыс. рублей от отца одного из детей. Следователи считали, что вымогательство денег у родителей в школе №1308 было поставлено на поток - на счет созданного при учреждении фонда было собрано 72 млн рублей.
Друзья, коллеги и родители школьников уверяли, что все средства шли на нужды школы. Сам Кудояров своей вины в преступлении также не признал. Его адвокаты трижды просили суд освободить его под подписку о невыезде, объясняя это его ухудшившимся состоянием здоровья. Однако суд ходатайства адвокатов отклонял. Незадолго до гибели Кудоярова прокуратура Москвы отказалась утверждать обвинительное заключение по его делу в связи с недоказанностью вины.
8 октября 2011 года Кудояров умер в фельдшерском пункте СИЗО №3 от обширного инфаркта миокарда. Смерть директора школы вызвала широкий резонанс. Его родственники настояли на продолжении расследования этого дела, чтобы доказать его невиновность.