В 2013 году против Кожемякина было возбуждено уголовное дело по ч. 1 ст. 282 УК РФ ("Возбуждение национальной ненависти") и ч. 2 ст. 214 УК ("Вандализм по мотиву национальной ненависти") по факту осквернения Еврейского культурного центра в Сыктывкаре.
Позже он был оправдан, но решения суда не дождался и сбежал из России в Украину. По данным СМИ, он является одни из бойцов батальона "Азов".
Основанием для отмены оправдательного приговора послужили некие процессуальные нарушения в ходе предыдущего суда. Подробности, к сожалению, не разглашались.
Ранее Алексей Кожемякин неоднократно привлекал внимание правоохранительных органов.
В конце января 2007 года Сыктывкарский городской суд приговорил по п. "е" ч. 2 ст. 111 УК РФ ("Умышленное причинение тяжкого вреда здоровью, совершенное по мотиву расовой, национальной или религиозной ненависти") 20-летнего Алексея Кожемякина к семи годам лишения свободы за нападение на гражданина Азербайджана в августе 2005 года.
В начале ноября 2013 года перед "Русским маршем" он был арестован (вместе с лидером организации "Зырянский союз" Кармановым) и позже освобожден под подписку о невыезде.
Далее Кожемякин возглавлял филиал движения "Оккупай-педофиляй" в Коми. Активисты движения выманили на встречу Ивана Джангурова (Жангурова). Тот пришел с группой молодых людей. Согласно сообщениям на ультраправых сайтах, встреча переросла в драку с применением ножей. Один из молодых людей получил легкое ножевое ранение от Кожемякина. Полицейские остановили драку. Кожемякин был помещен в СИЗО. 23 июня 2014 года дело в отношении националиста, обвинявшегося в нанесении легкого вреда здоровью (ч. 1 ст. 115 УК РФ), прекратили из-за отсутствия заявления потерпевшего.