В МЭР Клепача позвал в 2004 году Герман Греф, тогда возглавлявший ведомство. Клепач в должности директора департамента макроэкономического прогнозирования руководил в Минэкономики подготовкой всех социально-экономических прогнозов. В 2008 году Эльвира Набиуллина, тогда занимавшая пост главы МЭР, назначила Клепача своим заместителем, напоминает Forbes.
Кроме текущей деятельности по подготовке прогнозов для расчета Минфином федерального бюджета на этой же должности Андрей Клепач обеспечил расчеты удвоения ВВП и зафиксировал это удвоение в 2010 году.
В июне 2013 года пост главы МЭР покинул Андрей Белоусов, на его место был назначен первый зампред ЦБ Алексей Улюкаев - четвертый министр, с которым пришлось работать Клепачу. В сентябре 2013 года СМИ со ссылкой на источники сообщили, что прогнозист решил уйти по собственному желанию.
Газета "Ведомости" со ссылкой на знакомого чиновника писала, что Клепач устал, что к его предложениям не прислушиваются и приходится исполнять решения, с которыми он не всегда согласен. Один из источников агентства "Прайм" говорил, что у Улюкаева и Клепача "разные темпераменты и подходы к работе".
Клепач и Улюкаев по-разному оценивали состояние экономики. С сентября прошлого года Клепач стал предупреждать о том, что удвоение зарплат бюджетников, вопреки майским указам президента, невозможно в ближайшую трехлетку. В феврале 2014 года он публично опровергал выводы Алексея Улюкаева о "неустойчивом росте" экономики, рассуждая о рецессии.