Иск Росимущества к компании "Фосагро", которая владеет компанией "Апатит", был подан по запросу Генпрокуратуры России, которая в 2003 году обвинила Михаила Ходорковского и Платона Лебедева в том, что 1994 году они мошенническим путем завладении 20-процентным госпакетом акций компании "Апатит".
Уголовное дело по этому факту было прекращено Мещанским судом Москвы в октябре 2005 года за истечением десятилетнего срока давности. Акции компании с тех пор сменили владельца - в январе 2005 года Group Menatep продала менеджменту компании свой 50-процентный пакет акций "Фосагро" - однако Росимущество по-прежнему настаивает на возврате акций. Московский Арбитражный суд Росимуществу отказал. Однако фонд госимущества намерен обжаловать решение суда.
В настоящий момент компании "Апатит" предъявлены серьезные налоговые претензии за 2001 и 2002 годы. Межрайонная инспекция по крупнейшим налогоплательщикам по Мурманской области предъявила компании налоговые претензии в размере 5,37 млрд рублей за 2001 год, а также 2,318 млрд рублей за 2002 год. В настоящее время дело по обжалованию налоговых претензий рассматривается в Арбитражном суде Мурманской области.
По мнению Генпрокуратуры, Лебедев и Ходорковский, приобретя в 1994 году 20% акций компании "Апатиты", не выполнили условий инвестиционного соглашения, по которому новые собственники должны в течение года вложить в развитие предприятие около 280 млн долларов. Позже Генпрокуратура обвинила тогдашних владельцев компании в том, что они в 2000-2002 годах наладила сбыт апатитового концентрата подконтрольным ей фирмам по ценам ниже рыночных. В результате с 2000 по 2002 годы прибыль комбината была занижена на 230 млн долларов, что нанесло крупный ущерб государству и другим миноритарным акционерам.