Начиная с 1999 года финансовая ситуация в музее с каждым годом усугублялась. Если шесть лет назад спонсорские пожертвования достигали 50 млн долларов в год, то к 2008 году эта цифра сократилась в несколько раз. В настоящее время музею приходится довольствоваться лишь 6 млн долларов.
Кроме того, у властей Калифорнии есть основания предполагать, что нехватка средств может быть вызвана коррупцией в высшем руководстве музея. В частности, кураторы, художники, а также члены правления обвиняют в злоупотреблении должностными полномочиями нынешнего директора музея Джереми Стрика. В ближайшее время в музее будет проведена проверка.
Если деньги на содержание музея не будут найдены, МОСА, скорее всего, будет закрыт. Существует также вариант слияния его с какой-либо другой крупной галереей. Однако даже такое решение проблемы, по мнению экспертов, нанесет значительный вред имиджу знаменитого музея.