Мастер рано проявил дар художника, однако его авангардистские устремления вошли в 1960-е годы в противоречие с идеологическими постулатами советского времени. После принудительного лечения в психиатрической больнице он вынужден был эмигрировать в Париж, где прожил 10 лет.
В 1974 году акварельный цикл "Петербургский карнавал" принес ему мировую известность. С 1981 года он обосновался в Нью-Йорке. Активно работает как живописец, график, скульптор, сценограф. В 1989 году прошли его первые, после долгой паузы, персональные выставки в Москве и Ленинграде. В 1993 году Шемякин стал лауреатом Государственной премии России.