Опанасенко ранее был одним из руководителей милиции Киева и до 2005 года занимал высокие посты в МВД. В 2000 году он, будучи первым замначальника главка по оперработе, занялся делом Гонгадзе. Журналист предварительно направил письмо в Генпрокуратуру, в котором пояснил, что подозревает слежку за собой, но в ведомстве на его обращение не отреагировали, а жалобу направили в милицию.
В ходе работы над этим делом Опанасенко установил, что номера машины, которая следит за Гонгадзе, принадлежат милицейской службе наружного наблюдения, которой командовал генерал милиции Алексей Пукач. По информации украинских СМИ, Опанасенко доложил об этом, и план по слежке за Гонгадзе начал рушиться, так как произошла утечка информации.
В сентября 2000 года журналист исчез, а в ноябре его обезглавленное тело было обнаружено в лесу вблизи города Тараща Киевской области. Вскоре после этого были обнародованы записи, якобы сделанные экс-майором госохраны Николаем Мельниченко в кабинете тогдашнего президента Украины Леонида Кучмы. На пленке голос, похожий на голос Кучмы, отдает распоряжение "разобраться" с журналистом.
Первые аресты по этому делу были произведены только в 2008 году. Тогда трое бывших сотрудников департамента внешнего наблюдения и криминальной разведки МВД Украины (подчиненные генерала Алексея Пукача) были признаны виновными в совершении убийства журналиста.
В июле 2009 года был арестован сам Пукач, ему предъявлены обвинения в убийстве Гонгадзе, похищении и избиении журналиста Алексея Подольского, а также в уничтожении документов. Следствие установило, что роль Пукача в организации убийства Гонгадзе и похищении Подольского была ключевой. Причем сценарии двух преступлений аналогичны. Журналистов подбирал под видом такси автомобиль Hyundai Sonata, в котором находились Пукач и сотрудники МВД, и вывозил в лесопосадку, находящуюся за пределами Киева.
Подольскому угрожали, что он сам себе будет копать могилу, показывая лопату и канистру с бензином. В случае с Георгием Гонгадзе эти угрозы были реализованы. Душил ремнем и первого, и второго тоже Пукач. И именно он организовывал слежку за журналистами, отдавал соответствующие приказы своим подчиненным, а впоследствии организовал перезахоронение тела Гонгадзе в Таращанском лесу.
Украинская Генпрокуратура считает, что единственным заказчиком убийства Гонгадзе был покойный глава МВД Юрий Кравченко, покончивший с собой 4 марта 2005 года.