"Сибирь" пытается через суд добиться взыскания материального ущерба от Украины за гибель лайнера, сбитого украинской ракетой. Самолет, выполнявший рейс Тель-Авив - Новосибирск, потерпел крушение в октябре 2001 года над Черным морем. В результате катастрофы погибли 78 человек - 66 пассажиров (51 - граждане Израиля) и 12 членов экипажа.
Комиссия Межгосударственного авиационного комитета пришла к выводу, что лайнер над Черным морем по ошибке сбила ракета С-200, выпущенная в ходе учений украинских ПВО в Крыму. В 2003-2005 годах украинское правительство выплатило 15,6 млн долларов компенсации родственникам погибших.
В 2004 году авиакомпания "Сибирь" подала в Хозяйственный суд Киева иск к Минобороны и Госказначейству, в котором требовала взыскать с украинских властей 15,32 миллиона долларов США за сбитый самолет.
Вместе с тем, проведенная в 2008-2010 годах по инициативе Минобороны Украины дополнительная экспертиза Киевского научно-исследовательского института судебных экспертиз (КНИИСЭ) сделала вывод о том, что самолет Ту-154 не мог быть сбит украинской зенитной ракетой в 2001 году.
Хозяйственный суд Киева в начале сентября 2011 года отказался удовлетворить иск российской авиакомпании о взыскании материального ущерба.