Против Беккер выдвинуто обвинение в соучастии в убийстве 57-летнего генерального прокурора ФРГ Зигфрида Бубака, его водителя Вольфганга Гебеля, а также сотрудника генпрокуратуры Георга Вустера, которые были расстреляны в служебном лимузине Бубака 7 апреля 1977 года в Карлсруэ. Преступники тогда скрылись с места преступления на мотоцикле. Установить их личности не удалось.
На Беккер в 1977 году было заведено уголовное дело, которое закрыли в 1980 году за недоказанностью улик. Однако суд тем не менее приговорил ее к пожизненному заключению за оказание вооруженного сопротивления при аресте и участие в террористической организации. В 1989 году она была помилована на основании указа Рихарда фон Вайцзеккера, который в то время был президентом ФРГ.
Расследование в отношении Верены Беккер возобновилось в апреле 2008 года после того, как в ходе молекулярно-генетической экспертизы писем "Фракции Красной армии" на одном из конвертов обнаружили ДНК экс-террористки. В этом конверте немецким властям было направлено письмо, в котором группировка взяла на себя ответственность за этот акт насилия.
Однако убедительных доказательств того, в Бубака стреляла Верена Беккер, у обвинения нет. На основании анализа ее личных записей, изъятых во время обыска, следователи предположили, что она причастна к убийству Бубака. С точки зрения Федеральной судебной палаты, наличие "генетических отпечатков" Беккер на письме не может свидетельствовать о ее причастности к теракту.
В ходе повторного процесса над Вереной Беккер стало известно, что Зигфрид Бубак был членом гитлеровской Национал-социалистической немецкой рабочей партии (НСДАП). Как оказалось, 11 апреля 1940 года 20-летний Бубак подал заявление с просьбой о приеме в нацистскую партию, и 1 июля того же года стал членом НСДАП. Нацистское прошлое Бубака, которое не было секретом для властей ФРГ, не помешало ему стать генеральным прокурором ФРГ. Более того, в течение десятилетий оно скрывалось от общественности. Лишь в 2007 году еженедельник Spiegel вскользь упомянул об этом обстоятельстве.
По данным еженедельников Spiegel и Focus, Верена Беккер с осени 1981 до конца 1983 года была платным агентом немецкой контрразведки - Федерального ведомства по защите Конституции. За плату она выдавала секреты "Фракции Красной армии" и подробности совершенных терактов, в том числе и против Бубака. Издания утверждают, что ведомство выплатило экс-террористке 5 тысяч марок (2,5 тысячи евро) за предоставленную информацию. В прессе также фигурировала сумма в 100 тысяч марок. Сами контрразведчики эту информацию не подтверждают.