Согласно обвинению, Мери принимал участие в подготовке к высылке в марте 1949 года 251 жителя эстонского острова Хийумаа в Новосибирскую область. В связи с этим Герой Советского Союза обвинялся в участии в геноциде. Это преступление не имеет срока давности в Эстонии, отмечает "Интерфакс".
Сам Мери утверждал, что в 1949 году действительно был направлен партийным руководством СССР на остров уполномоченным. В то время Мери был первым секретарем ЦК комсомола Эстонии. "В мои функции входило наблюдение за соблюдением законности, чтобы не было злоупотреблений со стороны местных властей, и за тем, чтобы все высылаемые получили достаточное время для сборов и им были созданы нормальные условия", - рассказывал Герой Советского Союза.
Мери отмечал, что не участвовал в составлении списков высылаемых. Позже в 1949 году Мери сам попал в списки обвиняемых и от репрессий спасся только тем, что уехал в Горно-Алтайск, откуда вернулся на родину в 1960 году. В 1961 году он стал заместителем министра образования Эстонской ССР.
Дело о депортации островитян было возбуждено в 1995 году. Сначала Мери проходил по нему как свидетель, а в конце 1990-х годов он стал обвиняемым. "Мое дело то вытаскивают на свет божий в зависимости от политической ситуации, как только нужно отвлечь внимание людей от возникающих в стране проблем, то на некоторое время опять забывают о нем", - комментировал ситуацию Герой Советского Союза.
Судебный процесс против Мери начался в мае 2008 года. Вскоре по ходатайству адвоката он был прерван до проведения медицинской экспертизы. У подсудимого был обнаружен рак легких. Мери скончался на 89-м году жизни 27 марта 2009 года.
Россия неоднократно выражала негативное отношение к процессу над ветераном. Государственная дума в мае 2008 года приняла обращение к европейским коллегам, в котором призывала остановить "постыдное судилище" над Мери. Суд над ветераном был назван "явно политизированным".
Президент России Дмитрий Медведев посмертно наградил Мери орденом Почета.
Мери стал первым эстонцем - Героем Советского Союза. Он был награжден в 1941 году за участие в боях под станцией Порхов Псковской области, во время которых был четырежды ранен, но продолжал руководить оборонявшимися.