В ночь с 25 на 26 февраля 1992 года армянские вооруженные формирования при поддержке танков, БМП и военнослужащих второго батальона 366-го гвардейского мотострелкового полка Объединенных сил СНГ, дислоцированного в Степанакерте, начали штурм города. Вначале Ходжалы окружили с трех сторон, затем начался его обстрел из тяжелых артиллерийских орудий, а потом армянские солдаты вошли в город.
В боях за Ходжалы погибли до 40 азербайджанских солдат, свыше 100 были взяты в плен. А когда население после штурма стало покидать город, пытаясь уйти в сторону Агдама, то по группам беженцев с армянских застав был открыт огонь. Согласно докладу правозащитного центра "Мемориал", в результате этого погибли сотни мирных жителей. Это было хладнокровным убийством в открытом поле беспомощных людей, в том числе и детей. По данным Human Rights Watch, толпы жителей, бежавших из города после того, как он перешел к армянским вооруженным силам, были жестоко расстреляны на границе армянскими военнослужащими. По словам свидетелей, было уже светло, и стрелявшие могли отличить вооруженных людей от мирных жителей.
Помимо тех, кто был застрелен, десятки людей (в основном женщины и дети) погибли от холода и обморожения в лесах. Более тысячи жителей Ходжалы были взяты в плен. В течение четырех дней после штурма Ходжалы только в Агдам было вывезено около 200 тел. Из заключений экспертов следовало, что причиной смерти 151 человека были пулевые ранения, 20 человек погибли от осколочных ранений, 10 человек - от ударов тупыми предметами. Всего в ходе Ходжалинской резни были убиты 613 человек, захвачены в заложники 1275 человек. О судьбе 150 из них до сих пор ничего неизвестно. Среди убитых были 63 ребенка, 106 женщин, 70 пожилых людей и стариков. Это стало самым крупным и жестоким кровопролитием за все время Карабахской войны (1992-1994).
Начиная с 1988 года, Ходжалы неоднократно становился эпицентром конфликта. По утверждению армянской стороны, по указанию из Москвы там намеренно велось интенсивное строительство и размещались беженцы-азербайджанцы из Армении, а также турки-месхетинцы. Население поселка увеличилось с 2135 человек в 1988 году до 6300 в 1991 году. В 1990 году Ходжалы получил статус города. Накануне штурма Ходжалы многие месяцы находился в блокаде.
Азербайджанская и армянская стороны, как участники конфликта, дают различную оценку тех событий. В Армении хотя и не отрицают, что при взятии Ходжалы имели место преступления в отношении гражданского населения, считают, что все произошедшее вписывается в реалии военного конфликта - якобы это была военная операция по разблокированию местного аэропорта и обезвреживанию огневых точек.
В Баку называют случившееся одной из страшных трагедий ХХ века и квалифицируют как геноцид и военное преступление. Парламент Азербайджана неоднократно призывал мировую общественность признать геноцидом Ходжалинскую трагедию и создать международный трибунал в целях наказания ее виновников.
Исполнительные и законодательные органы 22 штатов США, парламенты Шотландии, Иордании, Чехии, Словении, Сербии, Румынии, Боснии и Герцеговины, Парагвая, Мексики, Пакистана, Перу, Колумбии, Панамы, Гондураса, Судана, Гватемалы, а также Организация исламского сотрудничества признали Ходжалинскую трагедию геноцидом и осудили ее.
В память о жертвах трагедии в Хатаинском районе Баку в 1993 году был разбит парк Ходжалы, в котором установлен мемориал - памятник "Крик матери" с высеченными на пъедестале именами всех погибших.
Напомним, конфликт в Карабахе начался в феврале 1988 года, когда Нагорно-Карабахская автономная область (НКАО) в нарушение советской Конституции заявила о выходе из Азербайджанской ССР. Выйти из состава Советского Союза Конституция разрешала только союзным республика, но не автономным областям. Но несмотря на это в сентябре 1991 года в центре НКАО Степанакерте было объявлено о создании Нагорно-Карабахской республики (НКР). Власти Азербайджана в ходе военного конфликта 1992-1994 годов потеряли контроль над Нагорным Карабахом и семью прилегающими районами.
Накануне Дня памяти жертв Ходжалы президент Алиев и премьер Пашинян в Мюнхене спорили о Ходжалинской резне
Переговоры между Азербайджаном и Арменией из-за Карабаха ведутся с перерывами с 1992 года.
Последняя дискуссия на высшем уровне о Нагорном Карабахе прошла 15 февраля 2020 года в рамках Мюнхенской конференции по безопасности. Президент Азербайджана Ильхам Алиев и премьер-министр Армении Никол Пашинян публично обсудили проблему непризнанной республики, решить которую не удается уже почти 30 лет. И там вновь главы стран заговорили о том, что же произошло в Ходжалы.
Как отмечает Deutsche Welle, на конференции планировали говорить о будущем, но груз прошлого оказался слишком тяжелым. В ходе более получасовой дискуссии, которую ведущая не прерывала, стороны то и дело возвращались к истории и началу войны в Нагорном Карабахе во времена позднего СССР, советовали друг другу навести в интернете, прессе и литературе справки, кому принадлежит регион, и кто виноват в том, что все так получилось.
Историческая во всех отношениях дискуссия под нейтральным заголовком "Обновление по Нагорному Карабаху" шла на английском языке. Получивший первым слово президент Азербайджана Ильхам Алиев сразу заявил: "Нагорный Карабах является частью Азербайджана". Он также напомнил мировому сообществу о том, что "в 1992 году прежний режим Армении совершил военное преступление - Ходжалинский геноцид, в результате которого были зверски убиты 613 невинных гражданских лиц, в том числе 106 женщин и 63 ребенка".
Премьер Армении в ответ на это заявил, что "в середине 1990-х годов бывший президент Азербайджана Аяз Муталлибов говорил, что провокация в Ходжалы была организована азербайджанской оппозицией для его смещения".
Тогда Алиев напомнил, что президент Муталлибов жив-здоров, "он живет в Баку, ...он неоднократно отмечал, что никогда не говорил о том, что Ходжалинский геноцид был организован азербайджанцами. Это - фейк-новость. Имена тех, что совершил Ходжалинский геноцид, известны всем... А говорить о том, что азербайджанцы сами зверски убили 63 ребенка, 100 женщин, - это верх цинизма".
Говоря о решении вопроса с непризнанной республикой Нагорный Карабах, премьер-министр Пашинян отметил, что этот конфликт "невозможно решить за 1-2 шага". Поэтому он предложил поэтапный отход от прежних жестких позиций, заявив, что решение должно устраивать все три стороны: Армению, Нагорный Карабах и Азербайджан. Президент Алиев сообщил, что он не против такого поэтапного решения лишь в случае, если Армения прекратит финансировать Нагорный Карабах и выведет оттуда свои войска.
Никаких итогов обсуждений по армяно-азербайджанскому нагорно-карабахскому конфликту на Мюнхенской конференции по безопасности не подводилось. На прощание оба лидера обменялись коротким рукопожатием.