По сообщениям информационных агентств из Приштины, командование международных вооруженных сил в Косово (КФОР) не обеспечило сопровождение Владыки Рашко-Призренского Артемия из монастыря в Грачанице до Приштины, где он намеревался осмотреть храм Святого Николы и определить размер нанесенного ущерба. Вскоре после выезда из Грачаницы военный конвой КФОР получил распоряжение вернуться назад, передает РИА "Новости".
В марте 2004 года церковь Святого Николы серьезно пострадала во время волны насилия, спровоцированной албанскими экстремистами против неалбанского населения края. Храм был подожжен, в результате чего полностью сгорели крыша и часть внутреннего убранства, разрушен алтарь.
При поддержке и финансовом участии Совета Европы, Сербской православной церкви и органов власти Косово храм был отремонтирован, но лишь частично. До сих пор церковные службы в нем не проводятся.
Начиная с 1999 года, в Косово и Метохии сожжено или разрушено около 150 православных святынь. Проблема сохранения и защиты объектов православной церкви является одной из центральных тем на венских переговорах по окончательному статусу Косово.