В частности, по делу Гонгадзе Шубин допрашивал начальника милицейской наружки генерала Алексея Пукача, когда того еще первый раз задержали в 2003 году, а затем по решению суда отпустили. Последние годы был заместителем прокурора Винницкой области, хотя семья оставалась в Киеве.
Авария произошла в воскресенье, 23 сентября около 22:15 на автотрассе "Житомир - Винница - Могилев-Подольский" в районе села Корделевка на Винничине. Возвращаясь из Киева на своей машине Honda, Шубин уже при подъезде к Виннице на большой скорости врезался в груженый КамАЗ, который шел впереди.
По предварительной версии, за рулем у Шубина случился инфаркт.
В украинской прессе ходили слухи, что несколько лет назад, будучи начальником Главного управления по расследованию особо важных дел ГПУ, Шубин якобы попросил должность с меньшим объемом работы - возможно, что с подсказки руководства. Теперь же некий анонимный бывший следователь, который просил не называть фамилию, сомневается в случайности ДТП, утверждая, что у покойного были враги.