Как и большинство жителей Окинавы, губернатор выступает против присутствия на острове американской военной базы. По его словам, решение премьер-министра будет "трудно принять".
В ходе предвыборной кампании в прошлом году Хатояма как лидер Демократической партии обещал убрать базу с Окинавы и перенести ее в другое место.
Однако после победы на выборах он заявил, что в результате переговоров с США было принято другое решение: оставить базу на острове, однако перенести ее на менее населенное побережье, как и планировалось в 2006 году.
Правительства Японии и США утверждают, что наличие американской базы на Окинаве является гарантией безопасности в регионе. По словам Хатоямы, обстановка в восточной Азии остается напряженной, примером чему служит очередной конфликт на Корейском полуострове.
"Я приношу свои извинения жителям Окинавы за то, что не смог сдержать слово", - сказал Хатояма. "Должен сказать, что я крайне сожалею о вашем решении, - угрюмо ответил премьеру губернатор острова Накаима. - Его будет трудно принять".
Визит премьер-министра сопровождали многотысячные акции протеста. Люди выкрикивали: "Хатояма, отправляйся домой!"
В апреле этого года на демонстрацию с требованием убрать с острова американскую базу вышло около 100 тысяч человек.
Жители острова озлоблены на "непрошеных гостей" - после истории с изнасилованием американским солдатом 12-летней японской девочки в 1995 году и крушением над островом военного вертолета в 2004.
Кроме того, островитянам не нравится высокий уровень шума и сам тот факт, что американцы используют японскую территорию для своих военных нужд.
По словам корреспондента ВВС в Токио Рональда Бьюерка, Хатояма идет на попятную, делая "унизительную уступку".
Согласно опросам общественного мнения, рейтинг премьер-министра Японии последние месяцы ползет вниз, и, по мнению аналитиков, история с американской базой на Окинаве не добавит ему популярности. Выборы в верхнюю палату парламента Японии должны состояться в июле.