Прокуратура просила назначить ему наказание в виде лишения свободы сроком на 15 лет с конфискацией имущества. Атамбаев отказался от права выступить с последним словом.
В 2006 году вора в законе Азиза Батукаева приговорили к 16 годам и восьми месяцам лишения свободы за организацию массовых беспорядков в одной из колоний в пригороде Бишкека. Во время бунта были убиты депутат Тынычбек Акматбаев, начальник главного управления исполнения наказания Икматулла Полотов и два сотрудника парламента.
В 2013 году Батукаева досрочно освободили из колонии, где он отбывал наказание, когда врачи поставили ему диагноз "острый лейкоз". Через несколько часов он получил новый паспорт и покинул страну. Суд признал Атамбаева причастным к незаконному освобождению Батукаева.
После освобождения Батукаева была проведена проверка, но правоохранительные органы не нашли нарушений. Расследование дела возобновили в январе 2019 года, а в октябре его передали в суд. Обвиняемыми по делу проходят 19 человек. Кроме Атамбаева, это врачи и лаборанты, которые поставили диагноз, представители ГСИН и другие.
Атамбаев также является фигурантом еще нескольких уголовных дел, в том числе в связи с незаконным обогащением, совершением преступления при модернизации ТЭЦ Бишкека и незаконной передачей в собственность здания "Форума" в Бишкеке.
27 июня прошлого года парламент Киргизии проголосовал за лишение Алмазбека Атамбаева неприкосновенности и статуса экс-президента, что дает возможность привлечения его к уголовной ответственности. Адвокат экс-президента Киргизии назвал решение депутатов не соответствующим Конституции страны, а сам бывший глава государства трижды проигнорировал приглашение явиться на допрос в МВД, заявив, что подвергается политическому преследованию со стороны нынешнего руководства республики.
Вечером 7 августа спецслужбы Киргизии начали операцию по задержанию Атамбаева в его резиденции в селе Кой-Таш в 20 километрах от столицы. Они применили против сторонников бывшего лидера спецсредства, те открыли ответный огонь. Власти утверждали, что силовики применяли только резиновые пули при стрельбе. При этом один из спецназовцев в ходе перестрелки был ранен в сердце и скончался. Ранения получили еще пять силовиков. Шестеро бойцов "Альфы" были взяты в плен и отпущены на следующий день.
По данным властей, Атамбаев лично вел прицельный огонь по спецназу. Однако сам экс-президент ранее утверждал, что старался стрелять не в направлении людей. После второго штурма, который произошел на следующий день, Атамбаев сдался сотрудникам правоохранительных органов.
Во время событий 7-8 августа в Кой-Таше и под Бишкеком пострадали 225 человек, в том числе 91 сотрудников МВД и 40 сотрудников ГКНБ. В итоге экс-главу Киргизии обвинили в организации массовых беспорядков, организации убийства, организации захвата заложников, незаконном обороте оружия и боеприпасов, а также организации покушения на убийство и насилии в отношении сотрудников правоохранительных органов.