Такое решение балтийские страны приняли на фоне обострения отношений между РФ и Чехией, обвинившей российские спецслужбы во взрыве склада боеприпасов 16 октября 2014 года. Как говорится в расследовании Bellingcat, подготовленном совместно с The Insider, журналом Der Spiegel и чешским еженедельником Respekt, операция проходила под личным контролем генерал-полковника Андрея Аверьянова, командира войсковой части 29155 в Москве, которая считается секретным спецподразделением ГРУ.
В чешской операции, утверждают расследователи, опосредованно могли участвовать еще два офицера ГРУ - генерал-майор Денис Сергеев и подполковник Егор Гордиенко. Целью диверсии могло стать оружие, которое планировал купить болгарский предприниматель Емельян Гебрев. На него позднее было совершено покушение тем же подразделением ГРУ, предположительно, с использованием боевого отравляющего вещества "Новичок".
Расследователи еще не выяснили, когда и как группа ГРУ получила доступ к складу боеприпасов, чтобы заложить взрывчатку. Однако в 9:25 утра 16 октября 2014 года склад боеприпасов N16 в Врбетице взорвался, было уничтожено 58 тонн боеприпасов, снесены десятки зданий и погибли двое сотрудников хранилища, находящегося под управлением компании Imex. Местные СМИ писали, что на взорвавшихся складах хранились боеприпасы в том числе чешской фирмы CZ Hermex, которая поставляла оружие на Украину.
Журнал Respekt отмечает, что некоторые офицеры ГРУ неоднократно бывали в Чехии в течение 2014 года. Расследователи связывают это с подготовкой операции на складах. Базы для подготовки операции могли находиться в Швейцарии и Австрии. Например, телефон одного из офицеров был зарегистрирован в сети в горном районе Шамони. Ранее западные спецслужбы нашли там предполагаемую базу материально-технического снабжения ГРУ.
По версии чешских правоохранителей, диверсию могли устроить двое россиян Александр Петров и Руслан Боширов. Через несколько минут после взрыва склада Чепига и Мишкин сели на рейс Аэрофлота из Вены в Москву. Генерал Аверьянов и подполковник Ежов позже в тот же день вернулись в Вену и только после этого вылетели в Москву. Теперь они объявлены в розыск по подозрению в причастности к взрывам.
Петрова и Боширова Великобритания в 2018 году обвинила в отравлении бывшего офицера российской разведки Сергея Скрипаля и его дочери Юлии в Солсбери. Позднее СМИ выяснили, что за этими именами скрываются офицеры ГРУ Александр Мишкин и Анатолий Чепига.
В связи с расследованием дела о взрыве и причастности к нему российских спецслужб, работающих под дипломатическим прикрытием, 18 апреля Чехия выслала из страны 18 российских дипломатов.
На следующий день, 19 апреля, Россия объявила 20 дипломатов Чехии персонами нон грата, приказав им покинуть страну в течение суток. После этого Прага потребовала от Москвы пересмотреть это решение, однако ответа не получила и решила уравнять число сотрудников в посольстве России до уровня представительства в чешском посольстве в Москве. Cейчас там остается 24 человека: пять дипломатов и 19 сотрудников, занимающихся административными и техническими вопросами. В свою очередь в посольстве России в Праге работают 27 дипломатов и еще 67 сотрудников, выполняющих технические функции. Помимо этого, в Чехии работают два российских консульства.
Решение Чехии сократить штат российских дипломатов поддержали Евросоюз и НАТО, заявив, в частности, что "Россия должна положить конец действиям, нарушающим международное право и представляющим угрозу безопасности и интересам ЕС".