Паколли был единственным кандидатом на пост президента бывшего сербского края, провозгласившего в одностороннем порядке независимость от Белграда 17 февраля 2008 года. Его кандидатуру в третьем, итоговом раунде голосования поддержали 62 депутата краевого парламента из 120 - на один голос больше простого большинства.
Кандидатура Паколли, владельца фирмы Mabetex, была выдвинута правящей Демократической партией Косово (ДПК) во главе с премьером Хашимом Тачи. В третьем туре за Паколли проголосовали кандидаты от ДПК и возглавляемой самим Паколли партии "Альянс за новое Косово".
Депутаты от оппозиции бойкотировали выборы президента. В качестве причины они назвали прежние деловые связи Паколли с Россией, которая не признает самопровозглашенной независимости Косово.
В двух первых раундах Паколи не смог набрать необходимые две трети голосов. В третьем туре требуемый для избрания минимум был снижен до половины состава парламента.
В Косово Пакколи называют самым богатым албанцем в республике. Возглавляемый Паколли "Альянс за новое Косово" стал единственной косовской партией, которая согласилась войти в коалицию с ДПК. Партия Тачи победила на декабрьских выборах в косовский парламент, но нуждалась в партнере для создания правящей коалиции. Другие партии отказались от коалиции с ДПК из-за скандала, связанного с выдвинутыми Советом Европы в адрес Тачи обвинениями в причастности к торговле человеческими органами.
Как писала газета "Коммерсант", в обмен на сотрудничество Пакколи вытребовал для своих однопартийцев посты президента и вице-премьера, а также четыре министерских портфеля. По косовским законам президента избирает парламент, а кандидата определяет правящая коалиция.
Миллиардер Паколли прославился скандалом в Московском Кремле
В России архитектор-миллиардер Беджет Паколли получил скандальную известность благодаря громкому делу о коррупции, касающемуся компании Mabetex, которая в начале 1990-х занималась реставрацией Кремля. Прокуратуры России и Швейцарии подозревали албанца в том, что он за взятки получил контракты стоимостью 450 млн долларов.
По делу Mabetex в 2001 году в швейцарской тюрьме сидел бывший управделами президента РФ Павел Бородин. В июне 2000 года в Швейцарии Паколли было предъявлено обвинение в отмывании денег и взятках на 4 млн долларов. В декабре 2000 года российское дело было прекращено за отсутствием состава преступления, в марте 2002 года также закрыли дело в Швейцарии.
Одновременно разворачивалось личное противостояние Беджета Паколли с тогдашним генпрокурором РФ Юрием Скуратовым, который инициировал дело Mabetex и после этого лишился своего поста. В августе 2000 года албанец выиграл у Скуратова иск о клевете. Басманный райсуд Москвы признал ложным заявление, что Паколли "украл у России сотни миллионов долларов", и присудил ему 5 тысяч рублей компенсации.
В октябре 1999 года в программе Сергея Доренко Паколли опроверг утверждение тогдашнего мэра Москвы Юрия Лужкова, что больница в Буденновске, разрушенная во время нападения чеченских боевиков в 1995 году, восстанавливалась на московские деньги. Позже мэрия признала, что Паколли участвовал в восстановлении.