В августе 2018 года в офисе компании провели обыски по подозрению в неуплате налогов на $19 тысяч. В ЮКЖД рассказывали, что силовики конфисковали ее документацию. Премьер-министр страны Никол Пашинян тогда говорил, что вокруг компании "происходят некоторые юридические процессы", но призывал "не делать трагедию".
В декабре в Следственном комитете Армении объявили об уголовном деле против бывшего замминистра транспорта республики. По версии следствия, он скрыл злоупотребления, выявленные во время проверок Южно-Кавказской железной дороги. В конце того же месяца в СК республики сообщили, что расследуют деятельность ЮКЖД за 10 лет, проверяя эффективность инвестиций в $226,8 млн. В компании в ответ заявили об ангажированности следствия.
По данным источника RTVI, всего против ЮКЖД завели семь дел, которые объединили в одно производство. Во время обысков у компании забрали весь архив с начала работы компании до 2018 года, что сильно затрудняет текущую деятельность ЮКЖД. Компания пыталась вернуть документацию через суд, но ей отказали.
В руководстве Южно-Кавказской железной дороги считают финансовые претензии необоснованными и заявляют, что если бы Армения хотела не оказывать давление на Россию, а разобраться в ситуации, она бы обратилась в международный суд.
Минтранс России вел переговоры с профильным министерством и вице-премьером правительства Армении Мгером Григоряном, предложив закрыть уголовное дело в обмен на дополнительные инвестиции. Россия также предлагала провести новую независимую проверку, если власти Армении не готовы просто отозвать свои претензии. Теперь Москва обдумывает вопрос о досрочном расторжении договора об управлении железной дорогой Армении.
"Армения создала ситуацию, при которой ЮКЖД не может нормально работать: изъяты все документы за 10 лет, предъявлены бездоказательные обвинения и не дано никаких гарантий. Наши аргументы о том, что ранее проверки не выявили нарушений, и доводы о выполнении условий концессии игнорируются", - сказал заместитель министра транспорта России Владимир Токарев. В министерстве территориального управления и инфраструктур Армении комментариев по этому поводу не дали: 16 сентября премьер-министр Армении Никол Пашинян ометил, что проверки в ЮКЖД проводят для защиты интересов республики.
При этом 18 сентября на встрече с коллективом ЮКЖД первый зам генерального директора РЖД Александр Мишарин говорил, что для компания важна работа в Армении, и подчеркивал, что ЮКЖД - один из крупнейших работодателей Армении: в компании работает больше трех тысяч человек.
Компания "Южно-Кавказская железная дорога" появилась в 2008 году, когда Ереван передал "Армянскую железную дорогу" в ведение РЖД. Сотрудники железной дороги Армении перешли в штат нового предприятия. По условиям концессионного договора, российская госкомпания может управлять армянскими дорогами в течение 30 лет. Кроме того, "дочке" РЖД принадлежат все поезда. Одна из сторон может инициировать расторжение договора, если другая осуществляет "какую-либо деятельность, которая в явной форме наносит существенный урон эксплуатации железной дороги или осуществлению услуг по железнодорожным перевозкам".