Барбара Ли голосовала против резолюции конгресса США, разрешившей Джорджу Бушу проведение военной акции в ответ на теракты в Нью-Йорке и Вашингтоне. Она была единственным американским законодателем, не поддержавшим резолюцию, принятую сразу после терактов. В сенате США резолюцию единогласно поддержали все 98 голосовавших сенаторов. В палате представителей "за" проголосовали 420 конгрессменов и голос Ли был единственным голосом "против". На голосовании она призвала своих коллег "хорошо подумать о последствиях" этого шага.
Объясняя свое решение, Барбара Ли сообщила журналистам, что она голосовала не против применения силы в борьбе с террористами, а против предоставления президенту США права ничем не ограниченного решения о применении этой силы. По мнению Ли, в условиях разделения властей по конституции США конгресс США должен был оставить за собой право на участие в решении о том, как и когда будет применена военная сила.
Позиция Ли вызвала волну яростного возмущения в Америке, и ее служебные телефоны и компьютерная почта были засыпаны, по ее собственном признанию, "тысячами звонков и тысячами компьютерных посланий", в которых звучали протесты, оскорбления и откровенные угрозы, после которых и было принято решение об охране Барбары Ли.
По данным газеты The Washington Post, в 1999 году Барбара Ли была единственной, кто в конгрессе США проголосовал против разрешения президенту США Биллу Клинтону нанести удар по Югославии и начать бомбежки Белграда, но тогда экстренных мер полиции Капитолия принимать не пришлось.