В октябре 2012 года по делу Алексея Пичугина ЕСПЧ вынес свое решение в пользу Пичугина: суд признал несправедливым процесс, проходивший в Российской Федерации по делу бывшего главы службы безопасности ЮКОСа и постановил, что в качестве компенсации морального ущерба российские власти должны выплатить ему 9,5 тысяч евро. ЕСПЧ признал, что было нарушено право Пичугина на справедливое разбирательство. Российская сторона не исключала возможности обжаловать решение суда.
Раннее Пичугин в своем обращении в ЕСПЧ указывал на нарушения международного права, якобы допущенные Россией в ходе его уголовного преследования. Были нарушены три статьи Европейской конвенции по правам человека, настаивал Пичугин: статья 3 (запрещение пыток), статья 5 (право на свободу и личную неприкосновенность) и статья 6 (право на справедливое судебное разбирательство). Суд признал нарушение российской стороной шестой статьи.
Напомним, что Пичугин был задержан в 2003 году по подозрению в убийстве и нескольких покушениях. В 2005 году Мосгорсуд признал его виновным в убийстве тамбовского предпринимателя Сергея Горина и его супруги, в покушении на жизнь бывшего начальника управления общественных связей мэрии Москвы и бывшего советника главы ЮКОСа Михаила Ходорковского Ольги Костиной, а также в избиении бывшего начальника управления делами ЗАО "Роспром" Виктора Колесова. Пичугин был осужден на 20 лет лишения свободы в колонии строгого режима.
Спустя некоторое время против экс-сотрудника ЮКОСа было возбуждено еще одно уголовное дело, и в 2006 году Мосгорсуд приговорил Пичугина к 24 годам в колонии строгого режима за организацию в 1998 году убийства главы ТОО "Торговая фирма "Феникс" Валентины Корнеевой, мэра Нефтеюганска Владимира Петухова, покушении на убийство главы компании East Petroleum Handelsgas GmbH Андрея Рыбина и убийство его водителя. Помимо этого суд признал Пичугина виновным в убийстве некоего гражданина Федотова и еще трех покушениях. После обжалования приговора, суд изменил решение и приговорил Пичугина к пожизненному заключению. Сам Пичугин своей вины не признал.