В заявлении главного прокурора трибунала Карлы дель Понте 7 апреля 2000 года в отношении Плавшич было выдвинуто закрытое обвинительное заключение. За свои действия в 1991 и 1992 гг. она обвиняется в геноциде, совершении преступлений против человечности, нарушениях законов и обычаев войны, а также серьезных проступках против Женевской конвенции 1949 года.
Плавшич инкриминируют то, что она самостоятельно или в сговоре с другими военными преступниками принимала участие в массовом истреблении боснийских мусульман и хорватов по национальным, этническим, расовым и религиозным признакам. Бывшему президенту республики Сербской вменяется в вину принудительная депортация 10 тыс. мусульман и хорватов.
Биляна Плавшич по собственной воле прибыла накануне в Гаагу и передала себя в руки трибунала. Ввиду этого защита намерена ходатайствовать о том, чтобы экс-президент боснийских сербов была освобождена из-под стражи.