С 1973 по 1997 годы Уилсон бессменно представлял в нижней палате Конгресса США штат Техас. Используя свое политическое влияние, он обеспечил финансовую поддержку секретной операции ЦРУ под кодовым названием "Циклон" по оказанию помощи вооруженной афганской оппозиции в период нахождения в стране советских войск.
В рамках этой операции "моджахедам" поставлялись различные вооружения, включая переносные ракетные системы "Стингер", которыми боевики сбивали советские самолеты. Благодаря усилиям Уилсона, Конгресс выделил на эти цели значительные средства.
С легкой руки американского журналиста Джорджа Крайла операция спецслужб США приобрела в Америке известность как "война Чарли Уилсона". В 2004 году вышла книга Крайла на эту тему, а позднее по ней был снят фильм с Томом Хэнксом и Джулией Робертс.
В политических кругах США Уилсон - личность столь же легендарная, сколько и скандальная. Он был известен своим пристрастием к спиртному и женщинам.
В 1980 году законодателю было предъявлено обвинение в употреблении наркотиков, однако расследование, которое возглавил прокурор минюста, будущий мэр Нью-Йорка Рудольф Джулиани, было прекращено за недостатком улик.