Дмитрия Павличенко подозревают в причастности к насильственным исчезновениям экс-министра внутренних дел Юрия Захаренко, политика Виктора Гончара, бизнесмена Анатолия Красовского и журналиста Дмитрия Завадского. С 2004 года ему запрещен въезд в США и страны Евросоюза.
Дмитрия Павличенко подозревают в "физическом устранении" лидеров белорусской оппозиции на основании опубликованных документов, в частности рапорта экс-начальника криминальной милиции МВД генерала Николая Лопатика под грифом "Совершенно секретно". В рапорте докладывается: "Шейман В.В. дал указание Павлюченко физически уничтожить бывшего министра внутренних дел Захаренко Ю.Н." "Акция захвата и последующего уничтожения Захаренко была произведена Павлюченко (так в тексте, - прим. ред.), командиром роты СОБРа и командиром 1-й роты спецназа и четырьмя его бойцами".
Рапортующий также сообщает, что "по аналогичной комбинации 16 сентября 1999 года Павлюченко провел акцию захвата и уничтожения Гончара В.И. и Красовского А.С.". Попав под подозрения, Павличенко оказался в СИЗО, но был освобожден в соответствии с личным приказом президента Белоруссии Александра Лукашенко. Выйдя на свободу, полковник перед телекамерами заявил, что "готов выполнить любой приказ президента".
Осенью 2008 года Павличенко был назначен заместителем командира корпуса охраны общественного порядка внутренних войск МВД по боевой подготовке. Однако в этом кресле он надолго не задержался. По имеющимся данным, рапорт об увольнении Павличенко написал по собственному желанию.
Когда министры иностранных дел стран Евросоюза 13 октября 2008 года приостановили на полгода действие запрета на въезд в страны ЕС для президента Белоруссии Александра Лукашенко и ряда других белорусских чиновников, Дмитрий Павличенко так и остался в списке невъездных.