Мосгорсуд в январе 2005 года приговорил Муртазалиеву к девяти годам лишения свободы в колонии общего режима. В сентябре того же года адвокатами осужденной была подана жалоба в ЕСПЧ. В жалобе защита просила признать, что в отношении Муртазалиевой было нарушено ее право на справедливое судебное разбирательство дела беспристрастным судом, гарантированное статьей 6 Европейской конвенции.
Зара Муртазалиева была задержана 4 марта 2004 года в Москве на проспекте Вернадского у гостиницы МВД РФ "Комета". При личном досмотре у нее было изъято 196 граммов взрывчатого вещества пластит-4, который в 3 раза превышает по мощности тротил.
Муртазалиева была признана судом виновной в подготовке террористического акта и вовлечении лиц в его совершение. Кроме того, суд признал ее виновной в незаконном хранении и приобретении взрывчатого вещества. Позже Верховный суд РФ снизил ей срок наказания на полгода.
Как говорилось в приговоре, Муртазалиева в сентябре 2003 года прибыла в Москву и в октябре того же года в мечети познакомилась с двумя русскими девушками с целью их вербовки. Суд счел надуманным утверждение Муртазалиевой о том, что ей подбросили взрывчатое вещество.
В МВД сообщали, что Муртазалиева проходила подготовку в одном из лагерей террористов-смертников и прибыла в Москву для организации и подготовки серии террористических актов. Сама Муртазалиева своей вины в ходе судебного следствия не признала.
Как сообщает Republic, на свободу Муртазалиева а вышла в сентябре 2012 года, полностью отбыв срок, после чего уехала во Францию.
О невиновности Муртазалиевой ранее заявляли правозащитные организации "Мемориал" и "Союз солидарности". В 2007 году Рамзан Кадыров, занимавший пост премьер-министра Чечни, усомнился в виновности Муртазалиевой. Однако в 2008 году суд отказал ей в условно-досрочном освобождении, объяснив решение тем, что она не признала свою вину и не раскаялась.