Руководству представительства Freedom House в Узбекистане вменяется нарушение законодательства Узбекистана. В частности указывалось, что в нарушение требований законодательства, без предоставления доступа регистрирующему органу, 28 мая 2005 года представительством организации был проведен семинар-тренинг с представителями правозащитных организаций Самаркандской, Джизакской и Бухарской областей в Самаркандском Ресурсном Центре, в котором принимали участие представители незарегистрированных правозащитных организаций.
Данное обстоятельство противоречит закону "О негосударственных некоммерческих организациях (ННО)", где сказано, что ННО обязано предоставлять доступ органу, регистрирующему негосударственную некоммерческую организацию, на проводимые ею мероприятия. Также Минюст Узбекистана провел мониторинг деятельности представительства Freedom House, в ходе которого был выявлен ряд существенных недостатков и нарушений законодательства. На 31 августа 2005 года представительство израсходовало $626 тысяч на различные проекты, однако отказалось предоставить подробную информацию о проделанной работе, результатах регистрации ННО, список партнеров, а также подтверждающие документы по расходованию средств. Представители Минюста отметили, что представительство Freedom House зарегистрировано как юридическое лицо в качестве представительства иностранной негосударственной некоммерческой организации, однако, на практике оно осуществляло функции филиала, то есть выполняло все или часть функций головной организации. Перед началом суда, участвующая в процессе глава представительства организации в Узбекистане Бранка Шесто заявила, что Freedom House просит власти дать ей возможность добровольно ликвидировать свое узбекское представительство.
Решение Ташкентского городского суда может быть обжаловано в течение 20 дней в апелляционном порядке. Апелляционная инстанция Ташкентского городского суда по гражданским делам 9 февраля 2006 года оставила без изменения решение о приостановке деятельности организации Freedom House в Узбекистане сроком на шесть месяцев.