Бориса Колесникова задержали 6 апреля 2005 года в Киеве, по обвинению в вымогательстве с угрозой убийства акций донецкого торгового центра "Белый лебедь". Но первоначально глава Донецкого облсовета был вызван к следователю в качестве свидетеля по так называемому "делу о сепаратизме". В ноябре 2004 года Колесников предложил создать в случае победы Виктора Ющенко на президентских выборах "новое федеративное государство в форме Юго-Восточной республики со столицей в Харькове".
8 апреля Печерский райсуд Киева определил меру пресечения Колесникову в виде ареста. 2 июня этот же суд принял решение оставить его под стражей для "обеспечения ознакомления обвиняемого с материалами уголовного дела".
Генпрокуратура Украины обвиняла главу Донецкого облсовета в вымогательстве передачи права на имущество по предварительному сговору группой лиц, с использованием своего служебного положения, с угрозой убийства, что нанесло имущественный ущерб в особо крупных размерах, а также в злоупотреблении властью, что повлекло тяжкие последствия. Колесникову грозило наказанием в виде лишения свободы на срок от 7 до 12 лет с конфискацией.
2 августа 2005 года по решению Киевского апелляционного суда Бориса Колесникова выпустили из-под стражи под подписку о невыезде.
В Партии регионов "дело Колесникова" расценили как политический заказ новой власти после победы на выборах 2004 года президента Виктора Ющенко. Донецкая область (самый густонаселенный регион Украины - здесь живут 10% населения страны) на последних президентских выборах оказала наибольшую поддержку сопернику Ющенко - выходцу из Донбасса, экс-премьеру и бывшему главе Донецкой обладминистрации Виктору Януковичу.