В мае 2006 года Харрисон был вынужден отказаться от очередной защиты своего титула из-за проблем с алкоголем и полицией. В связи с этим WBO предоставила ему отсрочку до осени для того, чтобы он смог привести в порядок свои дела. Харрисон прошел курс реабилитации в одной из шотландских клиник, а затем во избежание излишнего внимания со стороны британских СМИ отправился в Испанию готовиться к защите пояса против Ники Кука. В октябре 2006 года Харрисон был арестован в испанском городе Малага по обвинению в попытке угона автомобиля и сопротивлении полицейским . В ноябре его выпустили из тюрьмы под залог, но намеченный на 9 декабря поединок с Куком не состоялся, поскольку Скотт не сумел согнать вес к нужной дате.
После этого Харрисон так и не вышел больше на ринг, хотя несколько раз объявлял о намерении вернуться. В январе 2007 его задержали в Шотландии, уличив в хранении наркотиков. В мае он снова был арестован в Испании за драку в публичном доме. В июле того же года Харрисон был признан виновным в неуплате налогов. Его объявили банкротом и конфисковали за долги три принадлежавших ему дома.
В феврале 2008 года Харрисон предстал перед судом в Шотландии, где его признали виновным в хулиганстве. В сентябре того же года он получил 8 месяцев тюремного заключения за вождение автомобиля в нетрезвом виде, но вышел в конце декабря, отбыв меньше половины срока. Также в течение последних лет экс-чемпион как минимум дважды проходил лечение от алкоголизма и консультировался у психиатра в связи с хронической депрессией. Сам Харрисон связывал свои проблемы со страданиями, через которые ему приходилось проходить, постоянно сгоняя вес к поединкам, сообщает allboxing.ru.