После вылета из розыгрыша в первом раунде московского "Локомотива" и казанского "Рубина" Россия не представлена в групповом турнире, но со стадии плей-офф в Кубок УЕФА из Лиги чемпионов могут перейти столичные "Спартак" и ЦСКА.
Участники были поделены на пять корзин согласно рейтингу УЕФА. Самый высокий рейтинг посева получила "Севилья", а наименьший коэффициент оказался у "Оденсе".
Результаты жеребьевки:
| Группа А | "Осер" (Франция), "Рейнджерс" (Шотландия), "Партизан" (Сербия), "Ливорно" (Италия), "Маккаби" Хф (Израиль) |
| Группа В | "Байер" (Германия), "Брюгге" (Бельгия), "Бешикташ" (Турция), "Динамо" Бх (Румыния), "Тоттенхэм" (Англия) |
| Группа С | "Севилья" (Испания), "Алкмар" (Нидерланды), "Слован" (Чехия), "Грассхоппер" (Швейцария), "Брага" (Португалия) |
| Группа D | "Парма" (Италия), "Ланс" (Франция), "Херенвен" (Нидерланды), "Осасуна" (Испания), "Оденсе" (Дания) |
| Группа E | "Фейеноорд" (Нидерланды), "Базель" (Швейцария), "Висла" (Польша), "Блэкберн" (Англия), "Нанси" (Франция) |
| Группа F | "Аякс" (Нидерланды), "Спарта" (Чехия), "Эспаньол" (Испания), "Аустрия" (Австрия), "Варегем" (Бельгия) |
| Группа G | "Панатинаикос" (Греция), "Пари Сен-Жермен" (Франция), "Рапид" Бх (Румыния), "Хапоэль" Т-А (Израиль), "Млада Болеслав" (Чехия) |
| Группа Н | "Ньюкасл" (Англия), "Сельта" (Испания), "Палермо" (Италия), "Фенербахче" (Турция), "Айнтрахт" (Германия) |
Групповой турнир пройдет с 19 октября по 14 декабря. Каждый клуб проведет по два матча дома и на выезде. Игровые дни группового этапа запланированы на 19 октября, 2 ноября, 23 ноября, 29/30 ноября, 13/14 декабря.
По три лучших команды из каждой группы выйдут в 1/16 финала, где к ним присоединятся восемь клубов, занявших третьи места в группах Лиги чемпионов. На стадии плей-офф победитель будет определяться по итогам двух матчей. Финал турнира состоится 16 мая 2007 года в Глазго на стадионе "Хэмпден Парк".