По данным издания, решение об уходе со своего поста Карпин принял около месяца назад. "Спартак" же на данный момент уже начал поиски главного тренера, при этом рассматриваются как российские, так и иностранные кандидатуры.
Карпин вернулся в "Спартак" в качестве генерального директора 8 августа 2008 года. 16 апреля 2009 года временно возглавил "Спартак" после увольнения главного тренера клуба Микаэля Лаудрупа. В этом же сезоне в качестве тренера завоевал вместе с командой серебряные медали чемпионата России.
В 2010 году Карпин привел "Спартак" к четвертому месту в чемпионате России и третьему месту на групповом этапе Лиги чемпионов, дающем право выступать в дальнейшем розыгрыше Лиги Европы. В декабре тренер продлил контракт с клубом на полтора года.
18 апреля 2011 года Карпин написал заявление об уходе по собственному желанию с должности наставника "Спартака" из-за неудовлетворительных результатов команды, находившейся на последнем месте в чемпионате России. После выигрыша в четвертьфинале Кубка России с "Краснодаром" игроки "Спартака" надели футболки в поддержку Карпина, после чего руководство клуба отложило его отставку.