На этой стадии турнира в борьбу вступают клубы РФПЛ, которые проведут игры на поле соперника.
Действующий обладатель трофея - московский "Локомотив" - сыграет с армавирским "Торпедо", которым руководит экс-наставник "Спартака" Валерий Карпин. Красно-белым досталась нижегородская "Волга", а ЦСКА - иркутский "Байкал".
Другие пары выглядят следующим образом:
| "Волга" (Тверь) - "Зенит" |
| "Тосно" - "Ростов" |
| "Шинник" (Ярославль) или "Шахтер" (Пешелань) - "Кубань" |
| "Локомотив" (Лиски) - "Динамо" |
| "Тамбов" - "Крылья Советов" |
| "Спартак-Нальчик" - "Амкар" |
| "Зенит-Ижевск" - "Краснодар" |
| "Сокол" (Саратов) - "Анжи" |
| "Химки" - "Мордовия" |
| "Носта" (Оренбургская область) - "Терек" |
| "Енисей" (Красноярск) - "Урал" |
| "СКА-Энергия" (Хабаровск) - "Рубин" |
| "Сахалин" - "Уфа" |
Матчи 1/16 финала Кубка России пройдут 23 и 24 сентября. Встречи 1/8 финала запланированы на 28-29 октября. Точные даты матчей будут объявлены после согласования с телевещателем.