Агентство займется "выработкой и реализацией государственной национальной политики, нормативно-правовым регулированием и оказанием государственных услуг в сфере государственной национальной политики; осуществлением мер, направленных на укрепление единства многонационального народа Российской Федерации (российской нации), обеспечением межнационального согласия, этнокультурного развития народов Российской Федерации, защиты прав национальных меньшинств и коренных малочисленных народов Российской Федерации". Также новая структура должна вести "взаимодействие с национально-культурными автономиями, казачьими обществами и иными институтами гражданского общества; разрабатывать и реализовывать государственные и федеральные целевые программы в сфере межнациональных отношений; контролировать реализацию государственной национальной политики; осуществлять государственный мониторинг в сфере межнациональных и межконфессиональных отношений".
Отдельно среди функций агентства выделены "профилактика любых форм дискриминации по признакам расовой, национальной, религиозной или языковой принадлежности; предупреждение попыток разжигания расовой, национальной и религиозной розни, ненависти либо вражды".
Указом президента устанавливается, что "руководство деятельностью Федерального агентства по делам национальностей осуществляет правительство РФ". Руководитель Федерального агентства по делам национальностей назначается на должность правительством РФ.
Агентству передаются "функции Министерства культуры РФ по выработке и реализации государственной национальной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере защиты прав национальных меньшинств и коренных малочисленных народов Российской Федерации, реализации этнокультурных потребностей граждан, принадлежащих к различным этническим общностям, по обеспечению эффективного использования субъектами РФ и муниципальными образованиями средств государственной поддержки, предусмотренных на этнокультурное развитие народов РФ". От Министерства юстиции в новое агентство переходят "функции по выработке и реализации государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере взаимодействия с казачьими обществами".